Nació en Valladolid, la actual ciudad de Morelia, Michoacán. Provenía de una familia sencilla, su padre era carpintero. José María trabajó en la hacienda cañera de Tahuejo, en Apatzingán, quizá como escribano o contador, luego tomó las órdenes sacerdotales, siendo el cura Hidalgo uno de sus maestros. Después ejerció su labor como cura en varios pueblos de la región.

Morelos fue un jefe insurgente ejemplar, aunque no contaba con formación militar ni armas especializadas para la guerra. Fue un pensador valiente que siempre deseó la independencia del país. Se le reconoce por anular el orden jerárquico de castas y nombrar a todos los habitantes del país como americanos, su obra intelectual cumbre es el manifiesto: Sentimientos de la Nación.

A principios de octubre de 1810, Morelos tuvo noticia del levantamiento de Hidalgo, por lo que salió a alcanzarlo. Recibió la comisión de levantar en armas la costa del sur. En noviembre, Morelos y sus tropas entraron por primera vez en combate al enfrentarse a las del realista  Luis Calatayud, en El Veladero.

Los hermanos Galeana, Leonardo y Nicolás Bravo, Mariano Matamoros y Vicente Guerrero se le unieron en la región sureña donde luchaba. En mayo de 1811 ocupó Chilpancingo y Tixtla; siguió hacia Taxco y Tehuacán. En diciembre se apoderó de Cuautla, y en febrero de 1812 el ejército realista, que comandaba Félix María Calleja, sitió esa ciudad. Morelos resistió durante 72 días y al final resultó vencedor. Ese hecho le dio un gran prestigio; así, luego se le unieron indígenas nómadas del norte, comanches, lipanes y esclavos negros.

En septiembre de 1812 Morelos pensó en implementar un “sistema liberal representativo”. Desde Acapulco hizo un llamado para crear un Congreso en la Ciudad de Chilpancingo, conocido como “El Congreso de Anáhuac”, primer cuerpo legislativo de la historia mexicana. 

Hacia 1813 Morelos ya había ocupado las regiones de Oaxaca, el actual estado de Guerrero y gran parte de Puebla, así como Orizaba y Xalapa, en Veracruz. Por último se apoderó de Acapulco y en diciembre trató de tomar Valladolid, pero sufrió una importante derrota, al igual que sus dos colaboradores dentro del ejército, Hermenegildo Galeana e Ignacio López Rayón.

En 1814 el ejército realista comenzó a ganar terreno. Morelos fue invitado al congreso de la Junta de Zitácuaro, que pretendía proteger la causa revolucionaria. Ahí planteó que se estableciera un congreso mexicano. Ese congreso se trasladó a Apatzingán, en donde, el 22 de octubre de 1814, se promulgó la primera Constitución Política mexicana.

Tiempo después, en Texmalaca, hoy estado de Guerrero, José María cayó en manos de los españoles y fue trasladado a la ciudad de México, donde fue sometido a juicio, tanto militar como eclesiástico. El 22 de diciembre de 1815 fue degradado y fusilado en San Cristóbal Ecatepec.

De esta forma terminó la segunda etapa del movimiento de independencia. A Morelos se le conoce comúnmente como el “Siervo de la Nación”, tratamiento que él mismo propuso que se le diera.

En 1828, su ciudad natal recibió el nombre de Morelia. En 1869, Benito Juárez decretó la creación del Estado que lleva su nombre. El 16 de septiembre de 1925, sus restos fueron llevados a la Columna de la Independencia.