Nació en la hacienda de Corralejo el 8 de mayo de 1753. A los 12 años, después de haber concluido sus estudios primarios, fue enviado a la ciudad de Valladolid para estudiar en el Colegio Superior de San Francisco Javier, a cargo de los jesuitas. Más tarde ingresó al famoso colegio de San Nicolás Obispo. A principios de 1774 decidió hacerse clérigo y ocupó el cargo de rector del colegio impartiendo diversas cátedras.

Ya como sacerdote sirvió en varios curatos, entre ellos el de Colima. Finalmente, por su gran prestigio, fue enviado a la congregación de Dolores en 1802.

El cura Hidalgo siempre estuvo en contacto con las ideas liberales europeas, al mismo tiempo que conocía la situación de la población local. Esto lo sensibilizó para tratar de solucionar la problemática del pueblo novohispano. Hidalgo consideró que no había otra opción más que ser él mismo quien iniciara la guerra por la independencia.

Su ejército puede describirse como improvisado y sin experiencia, ya que lo formaban personas que carecían de armas especializadas para el combate y no contaban con adiestramiento militar; sin embargo, poseían un fuerte deseo de lucha pues deseaban mejorar la situación de pobreza que habían sufrido por siglos. Así, el pueblo insurgente siguió al cura Hidalgo, quien tuvo que pagar su osadía pues la Iglesia lo excomulgó.

Al frente de los insurgentes, Hidalgo se dirigió a la población de Atotonilco, en donde tomó la imagen de la Virgen de Guadalupe como bandera; de ahí continuó a San Miguel el Grande y luego a Celaya, donde Ignacio Allende se le unió. En Guanajuato derrotaron a los españoles al tomar la Alhóndiga de Granaditas.

Venció a los realistas en Valladolid, la actual ciudad de Morelia, y en octubre de 1810 ganó la batalla del Monte de las Cruces, muy cerca del actual Desierto de los Leones, a las afueras de la ciudad de México, en donde ofició una misa. En ese momento su ejército contaba ya con cerca de 80 000 hombres.

No se sabe por qué, estando tan cerca y con todo el poder, no siguió avanzando hasta tomar la ciudad de México y acabar de una vez con los realistas. En cambio decidió dirigirse al Bajío. Debido a esta decisión, en Celaya los insurgentes se dividieron. Allende se marchó a Guanajuato con su ejército, mientras que Hidalgo se dirigió a Valladolid con el resto. En ese momento ya se habían producido otros levantamientos insurgentes en todo el territorio, uno de ellos en el sur con el también cura José María Morelos y Pavón al frente.

En noviembre de 1810 Hidalgo fue derrotado por las tropas realistas en San Jerónimo Aculco, y en enero de 1811, en Puente de Calderón, Guadalajara; por lo que avanzó al norte del país para reorganizarse, pero en marzo de 1811 lo aprehendieron en Acatita de Baján, Coahuila. Más tarde, en abril de 1811, el ejército realista lo fusiló en Chihuahua junto con Allende, Aldama y Mariano Jiménez. Las cabezas de estos cuatro insurgentes fueron colocadas dentro de jaulas y expuestas en las cuatro esquinas de la Alhóndiga de Granaditas, en Guanajuato. El objetivo era que sirvieran de escarmiento a quienes quisieran seguir sus pasos. Este hecho marcó el fin de la primera etapa de la Guerra de Independencia.

Además de que se le recuerda como el iniciador de la independencia de México, también es preciso señalar que Hidalgo fue quien decretó la abolición de la esclavitud.